Nina A, фото мордашек птенцов нужно. Чтоб глазки было хорошо видно. И общий вид, чтоб увидеть насколько развиты.
Родители кормят хорошо?

Nina A, а глазки чистые, никаких истечений, выделений нет? Какая реакция на свет, нет ли светобоязни? Вокруг глазок кожа чистая, нет ли чешуек, корочек, шелушений. Все остальное у птенчиков в порядке? Опишите очень подробно рацион питания:
1. у родителей до гнездования
2. во время подготовки к гнездованию и насиживанию
3. во время выкармливания птенцов.
4. выкармливали родители? Если нет, что чем кормили или докармливали вы.
Проблемы у 2-х птенцов, а всего сколько?

Nina A, я не врач, могу только предполагать. Первое, что приходит в голову - аномалия развития, НО! Почему сразу у двух птенцов и одинаковая? Поэтому эту мысль сразу отодвинула. По вашему описанию на блефарит тоже не похоже. Я предполагаю, что это авитоминоз. Я сталкивалась с более-менее подобными проявлениями (была проблемы с глазами, но несколько иные), но у млекопитающих (щенки). Про птиц - так глубоко никогда не разбирала, да и случая не было. Зная уже, что о вашей проблеме, искала долго информацию, вот что нашла. http://amadina.ru/index.php?id=324  и  http://amadina.ru/index.php?id=405. В витаминах группы В обратите внимание на биотин и пантотеновую кислоту. Только учтите, что в описаниях симптоматики обычно указываются проявления сильной и крайней степени. Ну и, конечно на витамин  А (вторая ссылка).
А родительская пара уже в линьке была, когда началась 2-я кладка? Я так поняла, что птенцы у них уже несколько раз были? А какие витамины Вы давали и есть ли в рационе проростки и морковь?
Но правильнее было бы, конечно, показать их врачу.

Nina A, там, где Вы живете, есть возможность найти врача? Мы ведь только гадаем, ну что там по фото скажешь, да и случай редкий, а время идет.
2 кладки подряд при нормальной подготовке птиц возможны.

У птенцов такое иногда встречается, нужно смотреть за тем, чтобы глазки открывались вовремя, и если этого не происходит, помогать, легонько раздвигая веки вручную. У самой такого не встречалось, но у знакомой было. Птенец остался с такими глазками на всю жизнь, для него это не страшно и никак не мешает, чисто косметический дефект. Причина этого - как и многие проблемные моменты в разведении никому не известна.