Поясните, самец самку бьет, не пускает в гнездо, не дает самке в гнезде отложить яйца или что конкретно происходит? По тексту не понятно. Яйца уже отложили? Если да, то кто конкретно сидит на кладке? А как проходила предыдущая кладка? Они птенцов вырастили? Где расположена клетка, какой световой режим у птиц, каков режим кормления?
по п. 2. Водой пугать, шугать. Во время гнездования??? Это что за метод?
по п. 4. Оставить высиживать кладку одну самку? Это огромная нагрузка.

Самочка тогда снесла 1 яйцо не в домик, домик в срочном порядке поставили. Наверное самочка хотела высиживать, а мальчик территорию еще не изучил? Есть такая вероятность?

Есть. Все должно быть последовательно: подготовка к гнездованию - установка гнездового домика - кладка.
Родительская пара часто может выяснять отношения, но потом птицы приходят к согласию. Для них же это была первая кладка, они вообще еще только учились понимать, что это такое, что в такой ситуации делать. Скорее всего так было бы и у вас, но вы самца зачем-то отсаживали, потом возвращали (он самку гонял, не пускал в домик, но не бил же смертным боем). Самка соответственно была уже вынуждена защищать гнездо и т.д. То, что вы потом оставили самку одну тоже плохо. У корелл во время насиживания, родители меняют друг друга, чтобы поесть, попить, отдохнуть. Самка, оставаясь одна, бывает вообще не уходит с кладки, соотв. истощается. бывают случаи вплоть до гибели самки.
У меня самец, например, будучи по жизни агрессивным, во время гнездования превратился в монстра. А когда родились птенцы не пускал самку кормить птенцов, даже подходить к ним не давал. Бил самку очень конкретно. Но у меня и мысли не было самца убрать. И родители прекрасно  разобрались сами. Опыт первой кладки очень важен.
А сейчас... Следите, конечно, но без паники, ладно. Я думаю, что все должно нормализоваться.

triangle, однако, постарайтесь сами успокоится. Я верю, что нервозная обстановка передается домашним питомцам. Поэтому "спокойствие и только спокойствие". А реально... Пока не повесили домик, подумайте, а клетка стоит в наиболее спокойном месте? Удобен ли по размерам и расположению гнездовой домик? Каково освещение помещения, где стоит клетка. Не беспокоит ли птиц, например, включенный вечером свет, громкие звуки, хождение рядом с клеткой  и т.д. и т.п. Все это и многое другое может влиять и на птиц.

Сегодня поставила домик(без двух дней 2 недели подготовки. Кирюша стала много на дне торчать, решила поставить чуть раньше)

А домик где находится? Он что на дне клетки? Если так, то это и неправильно. Домик должен быть установлен (подвешен) снаружи клетки в верхней ее части. Кореллы дуплогнездники, на поверхности не гнездятся. Это в природных условиях, но именно на них мы и  должны ориентироваться. Какой размер и форма клетки?

А дополнительное освещение клетки есть? Как бы Вам не казалось, что солнышка много попадает, при таком положении клетки очень вряд ли. Комната может казаться очень светлой. Но!
 Количество света, проходящего через стекло падает пропорционально удаленности от окна. Если общую освещенность  ( на улице) принять за 100%, то вплотную к окну (на подоконнике) будет уже 80%, на удалении от окна на 1 метр, освещенность упадет до 50%, а в 3-4 метрах от окна будет составлять всего 5-10% На поведение птиц это вряд ли сейчас  влияет (хотя, как сказать), а вот для размножения - это один из главных факторов.
Про освещение есть хорошая тема на форуме, почитайте http://arpop.com/forum/index.php?topic=3647.0

А домик где находится? Он что на дне клетки? Если так, то это и неправильно. Домик должен быть установлен (подвешен) снаружи клетки в верхней ее части. Кореллы дуплогнездники, на поверхности не гнездятся. Какой размер и форма клетки?

Нет, нет, что вы! Снаружи домик, конечно же. Только он не в верхней части, а в нижней. Подумалось, что потом с птенцами так удобнее будет.
Клетка вот такая:
размер получается 52*41*66.5
Так вот и получилось, что Прошка на нижнем этаже тусуется, рядом с домиком, а Кира в уголок сверху забилась и сделать ничего не может. Он ей есть не дает, это меня пока больше всего пугает.

 Количество света, проходящего через стекло падает пропорционально удаленности от окна. Если общую освещенность  ( на улице) принять за 100%, то вплотную к окну (на подоконнике) будет уже 80%, на удалении от окна на 1 метр, освещенность упадет до 50%, а в 3-4 метрах от окна будет составлять всего 5-10% На поведение птиц это вряд ли сейчас  влияет (хотя, как сказать), а вот для размножения - это один из главных факторов.

Дополнительного освещения нет, но клетка в принципе не так далеко от окна. Я вас поняла, дополнительный свет поставлю обязательно. Все, что угодно, лишь бы помогло.

Если они спаривались, то яйца начнёт нести, я бы, всё-таки, отсадила пока самца, пускай самка снесётся в гнезде.

Спаривались и еще как! Самца я во время первой кладки пыталась отсаживать. Но Кира после этого защищала гнездо от него, как от чужого. Боюсь такой опыт повторять(хотя видя как он ее мучает, иногда очень хочется).

Вы их выпускаете на прогулку?

Выпускала до того, как домик поставила. А сейчас боюсь за самку. Очень злой он сейчас. А вдруг выпущу его, а он вернется и еще сильнее бить ее будет? Может завтра попробую, если все также плохо будет.

Я просто понимаю еще когда девочка волновалась и носилась вокруг гнезда, а Прошке это не нравилось, он ее гонял. Но вот сегодня вечером он реально просто так ее бил. Она сидела не шелохнувшись, а он как прыг на ее этаж и сбрасывает(она действительно фактически падает, чуть-чуть крыльями подстраховывается) и давай снова гонять.

triangle, да понятно, что волнуетесь. И мне девочку Вашу жалко. Но вот теперь уже кое что я могу понять. Давайте так, я выскажу свои соображения так как вижу.
1. Ваша клетка откровенно мала. Не только для размножения, для содержания пары. Ваша клетка 52х41х66,5. У нее, к тому же скруглен верх, т.е. объем меньший, чем указанный. Для содержания пары нужна 100х40х60 (горизонтальная). При этом 40 см (ширина) - это минимум. Для разведения, по хорошему еще больше. Длиной 150 см, так называемая пролетная клетка. Есть понятие - гнездовой участок. Это территория, где расположено гнездо и есть кормовая база. Так вот в клетке эти площади ограничиваются ее размерами. Территория, охраняемого гнезда и кормовая территория, которая так же сильнейшим образом защищается в период гнездования, накладываются друг на друга. Самец, более активный член пары, а у вас он явно сильный доминант, нуждается в большей площади территории. И он активно защищает гнездо, что и должен делать. Вывод - самке элементарно некуда деваться.
2. Положение гнездового домика внизу клетки, как Вы писали показалось удобным Вам. А теперь посмотрите глазами птиц (удобно-то должно быть им). Во-первых, внизу (равнозначно, как на поверхности земли) - противоречит их естественным потребностям в выборе гнездовья. Да, они пользуются тем, что им предоставили, но ведь нет же альтернативы. Во-вторых, в данном случае главным фактором, является опять же перехлест месторасположения гнездовья и кормовой базы. Ведь кормушки-то скорее всего тоже не ниже середины клетки. Даже если самка просто подходит к кормушке поесть, она попадает под агрессию самца, защищающего гнездо. Кира именно поэтому и поела, пока самец был на прогулке.
3. Уберите из рациона яйцо, это должно немного снизить агрессию самца.Тем более, когда уже идет кладка, яйцо по-любому убирают.
4. Да, пара, не только самец должны гулять и летать каждый день, причем подолгу. учитывая размеры клетки. Но ситуацию это не исправит. Пока нет яиц, нужно менять клетку. Это в принципе нужно.
5. Напишите размеры гнездового домика. Он горизонтальный или вертикальный. Вполне возможно, что тут что-то тоже не подходит.
6. То, что самец такой активный, наверное не плохо. думается мне, что в соответствующих условиях, он стал бы очень неплохим папашей.
7. Успех гнездования напрямую зависит от того насколько точно соблюдены все необходимые условия, начиная от самого глобального - жилища, его расположения и т.д. Но я уже повторяюсь...
И 2 вопроса? Самка не выкормыш? Какой возраст у птиц?

Девочку, видать, достало это все изрядно... Она начала отвечать. Наверх Прошка не лазит больше, но и она теперь мало сверху сидит. Драки стали еще хуже.
Наверное, подожду пару дней или до первого яйца?  И уберу домик. Раз уж я виновата, то тем более чуда ждать не приходится...